Die letzten großen Bauarbeiten erlebte das Klostergelände von 2002 bis 2008. Kirche, Konventbau und Außenanlagen wurden in dieser Zeit grundlegend saniert. Die im Mutterhaus lebenden Schwestern mussten während der Bauzeit regelmäßig umziehen. Die gesamte Infrastruktur des Gebäudes wurde auf den aktuellen Stand gebracht. Damit bei künftigen Anpassungen keine allzu großen Bauarbeiten erforderlich sind, wurden Strom-, Heizungs-, Wasser- und Abwasserleitungen in speziellen, leicht zugänglichen Kanälen verlegt. Außerdem wurden durchgängig Brandschutzverglasungen eingebaut. Das historische Entwässerungssystem wurde entwirrt und als Trennsystem mit separaten Leitungen für Regen- und Schmutzwasser neu verlegt.

In der St. Michaelskirche wurde der Altarraum nach den Entwürfen von Bau- und Kunstreferent Domkapitular Dr. Jürgen Lenssen neu gestaltet. Bewusst wollten Schwestern und Planer an verschiedenen Stellen in der Kirche Bauteile aus den Epochen hervorheben, um die geschichtliche Entwicklung zu zeigen. Die Gesamtkosten der Generalsanierung betrugen rund 15 Millionen Euro.