Um 1230 trennten sich die Nonnen von den Männern und zogen etwas weiter mainabwärts. Seither hießen die beiden klösterlichen Orte Ober- und Unterzell. Der damalige Bischof von Würzburg, Hermann I. von Lobdeburg, hatte den Frauenkonvent verlegt. 1525 plünderten aufständische Bauern im Bauernkrieg das Kloster.

Bis zur Reformation gehörten zahlreiche Frauenklöster zu Oberzell (unter anderem Frauenroth, Gerlachsheim, Hausen bei Bad Kissingen, Michelfeld, Schäftersheim und Sulz). Auch die Patronatsrechte über einige Pfarreien im Ochsenfurter Gau lagen bei Oberzell (Gerlachsheim, Gaukönigshofen, Acholshausen, Wolkshausen und Hettstadt). Der Prämonstratenserorden in Oberzell schien sogar eine eigene Schreibstube besessen zu haben, da eine Schule wie auch Urkundenschreiber nachzuweisen sind. Allerdings blieben nur wenige Handschriften erhalten, was den zahlreichen Plünderungen vor allem während des Bauernkrieges zuzuschreiben ist.

In der Zeit der Reformation im 16. Jahrhundert erlebte Oberzell einen Niedergang, der Konvent hatte damals deutlich weniger als zehn Mitglieder.