Die Gemeinschaft von Antonia Werr gedieh trotz aller Schwierigkeiten: 1931 lebten mehr als 900 Schwestern in über 100 Filialen. Dabei wurde neben der religiös-geistlichen Eignung auch großer Wert auf die fachliche Qualifikation gelegt, was für Frauen in dieser Zeit keineswegs selbstverständlich war.
Papst Pius XI. erhob die Gemeinschaft 1936 zu einer Kongregation päpstlichen Rechtes. Als Mutter Baptista Franke ihr Amt übernahm, „verhüllten die Schatten des 2. Weltkrieges bereits beängstigend die Zukunft“, heißt es in der Chronik des Klosters. Im Herbst 1940 suchten viele Menschen Schutz im Kloster Oberzell. Auch das beschreiben die Schwestern in ihrer Chronik: „Wir wollen im Geist Christi unsere Pflicht an den Ankommenden tun und den Mut trotz der neuen Sorgen nicht verlieren.“
Die Bombardierung Würzburgs im März 1945 schildern die Schwestern auch: „… dumpfe Detonationen, die etwa 20 Minuten anhielten… Die schauervolle Nacht wurde zum erhellten Tag, die Stadt Würzburg zum Flammenmeer… Wir waren in banger Sorge um unsere Schwestern in den verschiedenen Häusern. In dieser grauensvollen, leiderfüllten Schreckensnacht wurde auch unsere Kongregation von schweren Schicksalsschlägen heimgesucht.“
Besonders schwer traf es das St. Anna Heim am Ludwigskai: „Gleich zu Beginn gingen Brandbomben nieder, denen wahrscheinlich eine Luftmine folgte, so dass dasselbe in sich zusammenstürzte, die im Luftschutzkeller befindlichen Heimbewohner unter sich begrabend, mit diesen auch 12 Schwestern.“ Das Haus Nazareth in der Peterpfarrgasse brannte vollständig aus. Drei Schwestern konnten dort nicht geborgen werden: „Sie wurden ein Opfer der Liebe. Sie blieben mit den alten Damen im Keller. Der Keller war vollständig ausgebrannt. Man konnte nur noch Spuren der Rosenkränze finden.“
Oberzell, im Zweiten Weltkrieg erneut als Lazarett genutzt, wurde nach der Zerstörung Würzburgs für mehrere Jahre sogar zum Mittelpunkt der Diözese. Bischof Matthias Ehrenfried und sein Nachfolger Julius Döpfner wurden hier mit Domkapitel und Ordinariat von April 1945 bis Januar 1950 aufgenommen.
